Die Bayerische Akademie der Wissenschaften ist zusammen mit den anderen sieben deutschen wissenschaftlichen Akademien Trägerin der im Akademienprogramm zusammengefassten Forschungsunternehmen. Seit 1979/80 finanzieren Bund und Länder gemeinsam dieses Programm zur Förderung langfristig angelegter Forschungsvorhaben in den Geistes- und Naturwissenschaften. Es wird von der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften koordiniert und ist eines der größten und bedeutendsten geisteswissenschaftlichen Forschungsprogramme der Bundesrepublik Deutschland. Zur Zeit (Stand 2008) umfasst es insgesamt 157 Vorhaben mit 202 Arbeitsstellen. Die Bayerische Akademie der Wissenschaften ist mit 21 Projekten und 25 Arbeitsstellen in Bayern, in drei weiteren Bundesländern und in der Schweiz an diesem Programm beteiligt.