Die Akademie wird finanziell in erster Linie vom Freistaat Bayern getragen. Ihre im Akademienprogramm durchgeführten Forschungsvorhaben werden zu 50 % vom Freistaat Bayern bzw. zu einem geringen Teil von den Bundesländern, in denen die jeweiligen Arbeitsstellen ihren Sitz haben, und zur anderen Hälfte von der Bundesrepublik Deutschland finanziert. Darüber hinaus wirbt die Akademie in beträchtlichem Umfang Drittmittel von staatlicher Seite und von Stiftungen zur Durchführung von Forschungsvorhaben ein. Zu nennen sind in diesem Zusammenhang insbesondere Projekte des Leibniz-Rechenzentrums und des Walther-Meißner-Instituts für Tieftemperaturforschung, das nicht nur mit Sprecherfunktion an einem von der DFG eingerichteten Sonderforschungsbereich und einer Forschergruppe, sondern auch an dem im Rahmen der Exzellenzinitiative an der LMU München eingerichteten NIM-Cluster mitwirkt.
Der größte Teil des eigenen, ehemals nicht unbeträchtlichen Vermögens der Akademie, das vor allem aus großzügigen Stiftungen und Legaten bestand, ist infolge zweier Geldentwertungen im 20. Jahrhundert verloren gegangen. Aus den Restbeständen wurden zwei Fonds gebildet, mit deren (geringen) Erträgen Forschungsvorhaben der Mitglieder gefördert werden.