Die Akademie ist in vielfältiger Weise mit anderen wissenschaftlichen Einrichtungen vernetzt und durch Kooperationsverträge verbunden. Ihre Mitglieder sind hauptamtlich Professoren an Universitäten und wissenschaftlichen Instituten wie der Max-Planck-Gesellschaft und verbinden ihre wissenschaftliche Arbeit mit ihrer Tätigkeit in der Akademie. Zahlreiche Veranstaltungen werden in Kooperation mit Universitäten und anderen wissenschaftlichen Institutionen durchgeführt. Die Einrichtungen der Akademie wirken auf nationaler sowie europäischer Ebene an Verbundprojekten mit und sind an besonderen Programmen der Wissenschaftsförderung, wie der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder, dem Elitenetzwerk Bayern sowie einem Sonderforschungsbereich, beteiligt. Wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Akademie führen außerdem als Dozenten und Lehrbeauftragte Lehrveranstaltungen an Universitäten durch.
Ihre wissenschaftlichen Auslandskontakte pflegt die Akademie durch die Beteiligung an international vernetzten Projekten, durch die Beziehungen zu ihren korrespondierenden Mitgliedern, durch Besuche fremder Akademien und Gegenbesuche. Mit der Veranstaltung von Symposien, Kolloquien und Tagungen sowie der Entsendung von Mitgliedern in internationale Gremien fördert die Akademie diese Kontakte.