Auftrag der Kommission ist es, die planmäßige Erforschung der bayerischen Geschichte zu fördern und zu koordinieren. Die Kommission besteht derzeit aus 61 gewählten Gelehrten, die im Hauptberuf zum großen Teil an bayerischen Universitäten und anderen wissenschaftlichen Einrichtungen tätig sind. Die Kommissionsmitglieder leiten die verschiedenen Projekte (z.B. Historisches Ortsnamenbuch, Quelleneditionen) und betrauen den wissenschaftlichen Nachwuchs mit der Bearbeitung spezieller Themen, häufig im Rahmen von Dissertationen.
Das wichtigste Unternehmen der Kommission ist seit 1948 der Historische Atlas von Bayern mit seinen Reihen Altbayern, Franken und Schwaben. Bei diesem Langzeitprojekt handelt es sich um eine in Deutschland einzigartige historisch-topographische Landesbeschreibung. Ausgehend von den Landgerichten bzw. -kreisen wird die Besitz-, Herrschafts- und Verwaltungsstruktur sämtlicher Orte des Freistaates vom Mittelalter bis zur neuesten Zeit statistisch dargestellt und kartographisch dokumentiert.
Als zentrales Forum der wissenschaftlichen Diskussion dient die von der Kommission herausgegebene Zeitschrift für bayerische Landesgeschichte mit zahlreichen Buchbesprechungen und einem Umfang von jährlich über 1.000 Seiten. Viele Buchbesprechungen werden auch unter www.ZBLG-ONLINE.de veröffentlicht. In verschiedenen Reihen erscheinen Quelleneditionen, Tagungsbände und Einzelstudien zu bestimmten Themen der bayerischen Geschichte. Die Kommission arbeitet sowohl mit der Gesellschaft für fränkische Geschichte als auch mit der Schwäbischen Forschungsgemeinschaft eng zusammen.
Das Institut für Volkskunde erschließt kulturgeschichtliche Zeugnisse vom späten Mittelalter bis zur Gegenwart, die in ihrer Zusammenschau Einblicke in Lebensformen und Alltagshandeln sowie in Denkweisen und kulturelle Wertvorstellungen unserer Vorfahren und Zeitgenossen ermöglichen. Das Institut verfügt über eine öffentlich zugängliche Präsenzbibliothek, ein Archiv schriftlicher und bildlicher Quellen und ein Volksmusikarchiv mit Lied-, Musik- und Tanzaufzeichnungen sowie Tonträgern. Neben dem Bayerischen Jahrbuch für Volkskunde veröffentlicht es mehrere Schriftenreihen.

Der heilige Kilian, Würzburg (um 1266), der Augsburger Humanist und Stadtschreiber Konrad Peutinger (1543) und König Ludwig I. (1786–1868).