Die Bayerische Akademie der Wissenschaften hat – ebenso wie die sieben anderen deutschen Akademien der Wissenschaften – die Rechtsform einer Körperschaft des öffentlichen Rechts.
An der Spitze der Akademie steht der Präsident, der für die Zeit von drei Jahren gewählt wird. Er vertritt die Akademie nach außen, führt die laufenden Geschäfte und ist Dienstherr der angestellten und beamteten Beschäftigten. Das Präsidentenamt ist ein Ehrenamt und lediglich mit einer bescheidenen Nebenamtsvergütung verbunden. Wiederwahl, auch mehrfache, ist möglich. Das Präsidentenamt wechselt in der Regel zwischen den beiden Klassen, der Philosophisch-historischen und der Mathematisch-naturwissenschaftlichen. Dem Präsidenten zur Seite steht der Vorstand, dem vier Klassensekretare, sein Amtsvorgänger sowie die Generalsekretärin angehören.
Präsident
Prof. Dr. Dr. h.c. mult. Karl-Heinz Hoffmann, Telefon 089 23031-1135
Amtsvorgänger des Präsidenten
Prof. Dr. jur. Dietmar Willoweit, Telefon 089 23031-1136
Sekretare der Philosophisch-historischen Klasse
Prof. Dr. phil. Martin Hose, Telefon 089 2180-3558
Prof. Dr. rer. pol. Dres. h.c. Arnold Picot, Telefon 089 2180-2252
Sekretare der Mathematisch-naturwissenschaftlichen Klasse
Prof. Dr. rer. nat. Dr. h.c. Horst Kessler, Telefon 089 289-13300, Fax 089 289-13210
Prof. Dr.-Ing. Dr. h.c. Gottfried Sachs, Telefon 089 289-16061 Fax 089 289-16058
Generalsekretärin
Bianca Marzocca, Telefon 089 23031-1139, Fax 089 23031-1285