Die Bayerische Akademie der Wissenschaften hat – ebenso wie die sieben anderen deutschen Akademien der Wissenschaften – die Rechtsform einer Körperschaft des öffentlichen Rechts.
An der Spitze der Akademie steht der Präsident bzw. die Präsidentin, gewählt von den ordentlichen Mitgliedern für drei Jahre. Das Präsidentenamt ist ein Ehrenamt. Dem Präsidenten zur Seite steht der Vorstand, dem vier Klassensekretare, sein Amtsvorgänger sowie die Generalsekretärin angehören.
Die Mitglieder der Akademie gehören zwei Klassen an, der Philosophisch-historischen und der Mathematisch-naturwissenschaftlichen Klasse. Die Geschäfte der Klassen führen je zwei auf vier Jahre gewählte Sekretare.
Zur Betreuung von Forschungsvorhaben richten die Klassen Kommissionen ein. Derzeit forschen rund 450 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in 36 Kommissionen.